Музей открыт по решению Съезда интеллигентных сил удмуртов Глазовского уезда (13–14 июня 1917 г.). Сведения о его деятельности в годы Гражданской войны не сохранились.
В 1920 г. при Глазовском управлении народного образования открывается музейно‑экскурсионно-выставочное отделение, инструктором которого становится А. И. Ежова. В 1925 г. на его базе открывается Музей местного края. Энтузиастами, любителями‑краеведами была проделана большая работа, собран богатый материал по истории края, но вопросы размещения и финансирования музея не были решены. В результате – с 1929 по 1934 г. музей не имел постоянной экспозиции, возможности приобретения новых экспонатов и их научной обработки. В 1939 г. учреждение реорганизуется – практически создаётся заново.
В годы Великой Отечественной войны здание музея было отдано под госпиталь, экспонаты расхищены. 1946–1954 гг. – годы кропотливой работы, восстановления и собирания экспонатов. В 1954 г. по указанию Инспекции музейного дела экспонаты и имущество передаются Удмуртскому республиканскому краеведческому музею (ныне Национальный музей Удмуртской Республики им. К. Герда). С 1962 г. по инициативе и при активном участии старожилов города вновь идут работы по созданию краеведческого музея, открытие которого состоялось в 1965 г. В 1968 г. Глазовский музей по решению Совета Министров РСФСР преобразуется в филиал Республиканского краеведческого музея.
В 1992 г. Глазовский филиал выделен в самостоятельное учреждение. Современное название с 2011 г. Музей располагает семью экспозиционными залами. В период с 2000 по 2015 г. в ходе научно‑исследовательской работы написаны истории 12 промышленных предприятий, культурных и административных учреждений.
Современная работа музея полностью ориентирована на изменившиеся жизненные реалии. Сегодня — это место, где пересекаются интересы высокой науки и массового потребителя, у музея появилась досуговая функция.
Глазовский краеведческий музей неоднократно включался в Национальный реестр «Ведущие учреждения культуры России» как учреждение, занимающее лидирующие позиции в сфере культуры своего региона. В 2020 г. коллектив музея занесён на Доску почёта города Глазова.
Удмуртская Республика. Культура и искусство : энциклопедия. – Ижевск, 2014. – С. 323.
Сафронова Т. В. История города Глазова. Вехи XX века / Т. В. Сафонова, М. В. Ившина, Н. В. Лукина. – Глазов, 2003. – С. 255–258.